A civil szervezetek működésük során körültekintően kell eljárniuk és az átláthatóság követelményeinek meg kell felelniük, ami számos adminisztrációs teendővel jár. Az alapítást követően a civil szervezet a létesítő okiratban meghatározott cél szerinti tevékenységet folytathat és gazdasági-vállalkozási tevékenységet is végezhet, amennyiben az alapcél szerinti tevékenységét nem veszélyezteti. A civil szervezet szükség esetében csak olyan módon vehet fel hitelt és vállalhat többlet kötelezettséget, amely nem veszélyezteti az alapcél szerinti tevékenységének ellátását és szabályos működésének fenntartását.
A civil szervezetek működésével kapcsolatos döntéseket a vezető tisztségviselők hozzák meg, szüksége esetén a közgyűlés, vagy alapítvány esetében a kuratórium. Az egyesületeknek évente legalább 1 kötelező közgyűlést kell tartaniuk, ahol az előző évi beszámoló elfogadásra kerül, melyet május 31-ig letétbe kell helyezni az Országos Bírósági Hivatal közhiteles nyilvántartásában.
A civil szervezet számviteli nyilvántartásait úgy köteles vezeti, hogy azok alapján, az alapcél szerinti tevékenységének és gazdasági-vállalkozási tevékenységének bevételei, költségei, ráfordításai és eredménye (nyeresége, vesztesége) egymástól elkülönítve megállapíthatók legyenek. A civil szervezeteknek nyilvántartásba vételüket követően, az adószám megállapítása után, mielőbb önálló, saját bankszámlaszám meglétéről kell gondoskodniuk. A szervezetnek hatályos számviteli politikával kell rendelkeznie, valamint a tárgyi eszközei tekintetében beszerzési, leltározási és selejtezési szabályzattal. A szervezet által hozott szabályzatokat, közgyűlési döntéseket a határozatok tárában kell vezetni.
Az átláthatóság és nyilvánosság követelményeinek megfelelően anyagi helyzetére vonatkozó adatokat kell közzé tennie honlapján, a beszámolási kötelezettség során, illetve a bevallások alkalmával. Évente adatokat köteles szolgáltatni a Központi Statisztikai Hivatalnak a működésére vonatkozólag. Az egyesületek tagjainak száma 10 fő alá nem csökkenhet.
A civil szervezeteknek működésük során gondoskodniuk kell a tevékenység folytatáshoz szükséges források rendelkezésre állásáról. Ilyen bevételi forrás lehet a tevékenységből származó bevétel, adomány, tagdíj, pályázat útján elnyert támogatás. Céljaik megvalósítása során igénybe vehetik a tagok segítségét, regisztráció után lehetőség van önkéntes fogadásra, vagy foglalkoztatottak alkalmazására.
A szabályszerű működés érdekében érdemes nyomon követi a hatályos jogszabályokat, illetve a megyében címbirtokos Civil Közösségi Szolgáltató Központ munkatársaival felvenni a kapcsolatot konzultáció érdekében, akik működési, forrásteremtési segítséget tudnak nyújtani a civil szervezeti vezetőknek.